ایشان با همه وجود مشکلات این قوه را لمس می‌کنند، البته به صورت کلی همواره از مسئولان حمایت کرده‌اند.
وی افزود:در رابطه با مذاکرات نیز رهبری فرموده‌اند که به تیم مذاکره اعتماد دارند اما باید خطوط قرمزها را هم رعایت کنند. حمایت رهبری از دولت جدی است و دولت باید این را قدر بداند.
باهنر در پاسخ به اینکه آیا اظهارات رهبری در تایید و حمایت از دولت پیامی به منتقدان دولت که بخشی از آنان در مجلس هستند نیست گفت: پیغام به هر دو طرف است هم دولت که رهبری فرمودند دولت باید مواظب باشد به اسم اعتدال بچه‌های مومن را کنار نزند. بچه‌های مومن نیز باید مواظب باشند که تندروی نکنند.
وی درباره استیضاح وزیر علوم نیز گفت: بار رسانه‌ای استیضاح در کشور ما سنگین تر از آن است که باید باشد. ما وظیفه خود می‌دانیم استیضاح‌ها را مدیریت کنیم اما معتقدیم اگر قرار است استیضاحی مطرح شود، مطالبه فضای عمومی مجلس باشد و الا اگر تنها 10-15 نفر خواهان استیضاح باشند سعی می‌کنیم مساله را حل کنیم؛ البته خلاف قانون هم انجام نمی‌دهیم و اگر نتوانیم نمایندگان خواهان استیضاح را مجاب کنیم، به خواسته آنان رسیدگی می‌کنیم.
